병에 걸린 식물체를 재료로 한 멀칭은 병원균을 지닐 수 있어서, 대부분의 멀칭은 충분히 부숙을 시켜야 하거나 모든 병원균을 죽일 수 있는 온도로 시용 전에 처리해야 한다. 따라서 상업적으로 이용가능 한 유기질 멀칭은 이미 부숙을 한 이후여서 상대적으로 오염이 적다.

멀칭의 문제점
2. 반감물질
유기질 멀칭과 초생재배를 통해 배출되는 반감물질은 잡초발아와 생장을 저해해서 잡초발생을 조절하는데 굉장히 큰 부분을 차지하고 있다. 현재까지 연구된 바는 굉장히 미비하지만, 최근에 저글론(Juglone) 이라는 물질이 흑호두나무에서 배출되어 반감물질의 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 저글론은 이미 활착된 식물에는 별다른 영향은 없고 실생이나 뿌리가 얕은 식물에게 해를 입히거나 고사시킬 수가 있다. 기내 실험에서 저글론은 성숙한 식물체의 생장을 저해하기 보다는 종자 발아를 억제하는 것으로 밝혀졌다. 소나무, 유칼리나무, 아카시아 나무로 구성된 멀칭은 반감물질을 함유해서 여러 잡초의 발아를 억제하였다고 하였다. 특히 외떡잎 풀의 경우 쌍떡잎 잡초보다 영향을 덜 받았다고 하였다. 지금까지 내용을 살펴보면 유기질 멀칭의 시용은 이미 활착이 진행 중인 식물에게는 별다른 영향이 없지만 새로 재식된 식물이나 뿌리가 얕은 식물에게는 피해를 줄 가능성이 있으므로 그러한 경우에는 나무를 소재로 한 멀칭이 짧은 기간 내에 부숙이 진행되어야 하며 적절한 시용이 이루어지도록 해야 한다.

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