우리나라에서 유기농업의 태동은 1970년대 중반부터 일부 선각자들인 농업인들과 민간단체를 시작으로 오늘에 이른다. 1980년대 중반이후로 전 세계적으로 친환경 유기농업에 대한 필요성이 제기되었고 우리나라에서도 1990년 초 이후 정부가 화학비료 및 농약사용량 절감을 정책목표로 하면서 유기농업이 저투입농업과 함께 친환경농업의 범주 안에서 정부의 정책관리대상에 포함되게 되었다.

근대적 유기농업은 1991년 농림부에서 유기농업발전기획단이 구성되어 유기농업에 대한 실태조사를 실시한 것이 시초가 되었다. 1994년 12월 농림부에 친환경농업과가 신설되었고, 친환경 유기농업 연구조직의 변화도 빠르게 이루어졌다. 친환경 유기농업에 대한 본격적인 연구는 1981년 농업기술연구소 토양유기물연구실에서 시작되었다. 1994년 유기농업 관련 연구는 농업기술연구소 대체농업연구실에 이관되어 수행하게 되었고 1996년 연구실명이 유기비료연구실로 변경되었다.

2004년 유기물이용연구실이 주축이 되어 친환경농업과가 농촌진흥청에 신설되기에 이른다. ① 국제기준(Codex)에 부합되는 유기농업 기술체계 정립, ② 유기자원 및 작부체계를 이용한 토양비옥도 유지기술 확립, ③ 생물적 병해충 방제 및 잡초 제어기술 정립, ④ 한국형 유기농업 생산기술 모델개발을 과의 목표로 설정 하였다. 부서 내 연구실로는 실용화기술개발연구실, 유기생산기술개발연구실, 친환경농자재이용연구실, 생물적방제기술연구실 등 4개 연구실로 구성하였다. 2008년 10월 8일 농진청의 직제개편에 따라 친환경농업과는 과명을 유기농업과로 변경하고 유기농업연구 전담부서로 정체성을 정립하였다. 과로 확대 개편된지 18년이 지난 현재의 유기농업과는 유기농경지실, 유기농생물제어실, 유기농가치확산실, 유기농환경생태실 등 4개의 연구실로 구성되어 있다.